分子生物学教授吴瑞(左一)在传授水稻的遗传性状
吴瑞(美国康乃尔大学分子生物学和遗传学系教授)在《提高中国科学研究的产出率面临的挑战》一文中认为：
20年来，特别是近5年来，中国大陆基础科学研究水平有了很大的提高，但基础科研的产出率仍然很低，反映在每年发表的高质量、有影响力的研究论文数量很少。
根据吴瑞自1980年以来，先后赴中国大陆45次，与许多生物科学家及政府官员进行过的交谈和学术交流，他认为主要原因有三：
高产出率的科学家极少
吴瑞说，判断生物学家产出率的标准，就是如果一个科学家过去10年内在影响因子为2或以上的研究杂志上发表至少8篇科学论文，同时至少有一篇研究论文发表在影响因子为5或以上的杂志上，就是一个产出率高的生物科学家。
而据估计，从2000年中国大陆的生物学家的数量、政府资助的生物学实验室数量以及发表的论文总数来看，中美两国大致相近；但中国学者在生物科学领域发表的有高影响力研究论文只有不到美国学者发表数量的百分之四。高水平研究论文与国内高产出率生物学家的数量成正比例。同时，这种状况与科研经费投入不足，项目评审及经费分配体系的不完善有关系。由于较低的经费支持强度和短的支持时间(2~3年)，大多数科学家只能选择易于获得研究结果的科研项目。而这样的研究工作一般缺乏新颖性和创造性。其结果是，绝大多数的研究论文发表在国内杂志上，只有极少数发表在有高影响力的国际杂志上。即使有些在国内发表的研究论文有新发现，但通常因国外学者无法阅读而极少被引证。
据吴瑞估计，当今中国也许只有500位生物学家能够发表高质量的研究论文。而在美国，仅华裔高产出率的生物学家的数量就超过3，000人。美国的人口只有中国人口的四分之一，但美国高产出率生物学家的数量超过40，000人(这个数据是他在参阅有关统计资料后的估算)。
吴瑞认为有两种办法可以解决中国高产出率生物学家短缺的问题。一种办法是中国自己培养一大批有创新精神、高产出率的生物学家。然而，要取得成功，首先需要改进中国的高等院校的教学体制。现在，只有少数学校，部分地采用了类似英美鼓励学生的批判性、创新性思维的教学方法。大多数的大学和研究生院仍然强调学生死记硬背、无保留地接受教师或教科书的观点，而不是鼓励学生用创新性思考、多提问题的方法来学习。为此吴瑞希望，教育部能鼓励所有的大学改善其培养未来科学家的方法。另一种办法是吸引大批在国外工作的高产出率的生物学家回国效力。实际上，很多在国外工作的中国科学家愿意回国开展研究工作，但是不充分的经费支持、较差的科研环境和科研管理，让他们望而止步。解决这个问题的方法是：提高基础研究的经费支持水平，建立更加公平和透明的研究计划评审和经费分配体系，同时推动各大学和研究所的基础结构和行政管理系统的改革。
经费支持不足
中国对基础科学研究的经费支持强度太低。在2000年，支持生命科学基础研究的经费年度预算大约为20亿元人民币(相当于2.5亿美元)，约占当年GDP的0.02%。虽然现在中国每年用于研究和开发的经费占到GDP的1.1%，但大多数经费用于支持开发性的项目。用于科学研究的经费本来就不多，而其中的大部分又用于支持应用性研究项目。与此相比，美国政府每年投入的支持生命科学基础研究的经费大约为300亿美元，占到GDP的0.3%。此外，在美国还有另外300亿美元的经费来自工业界和各种基金会，而在中国几乎没有这类经费来源。
因此，吴瑞在此呼吁，中国政府立即采取实质性行动，大幅度增加支持基础科学研究的预算。在未来10~15年，逐年提高基础科研投入占GDP的比例，希望到2020年对生物科学研究的经费支持强度至少能达到GDP的0.10%，使那时高产出率的生物科学家的数量可能增加到5000人以上，比现在高十倍。
研究项目的评审制度及经营分配体系不尽理想
中国的研究计划评审和经费分配体系需进行实质性的改进。基本上，中国的基础研究经费的绝大多数是经3个渠道分配下去的：中国科学院(CAS)，科技部(MOST，特别是通过973计划)和中国国家自然科学基金委(NNSFC)。
在中国，国家自然基金委有最强的同行评审系统，也是对所有申请者开放的渠道。由于符合资格的评审人员很少，经常是很难找到足够的熟悉特定研究领域的评审人员来做可靠的评审。此外，一些大项目常常未经严格的同行评审，经费的去向往往受到高级官员的影响。一些评审人员选择帮助自己或朋友得到研究经费，而不是根据项目申请书的价值来决定取舍。有人说：“小经费，大评审；中等的，小评审；大经费，不评审”。对项目评审制度的改革势在必行。吴瑞建议，减少以上问题的办法是从国外邀请一批有资格的评审者进入项目评审委员会，并使其数量占到评审委员会总人数的一半以上。这样不仅能减少同行间的利益冲突，也能减轻因国内合格评审人员缺乏引起的负担，同时使评审过程变得公平化和透明化。
另一个发表高影响力研究论文少的原因是中国的生物科学家倾向于独立地开展研究，不愿和别人合作。近年来，与分子生物学有关的研究已极其复杂，要挑选一个全才的课题负责人已变得困难。国外很多生物学家经常合作，而现在中国的情况似乎是科学家更愿意独立地开展工作，不愿意与同行合作或交流。因此，如果中国政府能设立一种类似于美国鼓励团队研究计划的新型研究基金，对改善上述状况会很有帮助。为此，吴瑞建议中国政府应设立一个分配基础研究经费的新机构和一种新型的研究项目(即大项目团队计划)。